请问生物测序中的de novo genome assembly是什么意思?还有coverage?最好举例说明下……
来源：学生作业帮助网 编辑：六六作业网 时间：2024/11/15 07:24:25
请问生物测序中的de novo genome assembly是什么意思?还有coverage?最好举例说明下……
请问生物测序中的de novo genome assembly是什么意思?还有coverage?
最好举例说明下……
请问生物测序中的de novo genome assembly是什么意思?还有coverage?最好举例说明下……
楼下回答了一些,我尽自己知道的补充一点.
denovo字面意思是全新,专业一点就是从头测序.详细点就是对未知基因组序列进行测序,利用生物信息学分析手段,对序列进行拼接、组装,从而获得其基因组的图谱.
另外,你追问的问题,其实有些人会混淆两个概念：测序的覆盖度（coverage）和测序的深度（depth）.对于coverage,由于大片段拼接的gap（空白或者缺口）、测序读长有限、重复序列等问题的存在,测序分析后组装得到的基因组序列通常无法完全覆盖所有区域,覆盖度就是最终得到的结果占整个基因组的比例.例如一个人的基因组测序,覆盖度为98.5%,那么说明该基因组还有1.5%的区域通过我们的组装和分析无法得到；对于depth,就是被测基因组上单个碱基被测序的平均次数,比如某样本的测序深度为30X,那么就是说该样本的基因组上每一个单碱基平均被测序（或者说读取）了30次,注意,是平均.当然了,depth也有最大和最小值,这个都可以由信息分析得到.其实也就是为了提高准确率什么的,一般15X就差不多了.
就这些了,还有什么,
这个就是DNA测序啊，coverage在这大概是报道的意思
de novo 的意思是全新，assembly是序列拼接，所以就是在没有参考序列的情况下进行序列拼接，不过呢，一般还是会比对一下近缘种，所以是个相对的概念，比如如果有了人类基因组作参考，那拼chimpanzee的就不是de novo，而算ab initio。 coverage可以直译覆盖率，所以在这里可以理解成，你测到的和拼起来的，能够cover（覆盖）实际基因组的多少。
希望对你有帮助~...
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de novo 的意思是全新，assembly是序列拼接，所以就是在没有参考序列的情况下进行序列拼接，不过呢，一般还是会比对一下近缘种，所以是个相对的概念，比如如果有了人类基因组作参考，那拼chimpanzee的就不是de novo，而算ab initio。 coverage可以直译覆盖率，所以在这里可以理解成，你测到的和拼起来的，能够cover（覆盖）实际基因组的多少。
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对于你提问的k-mer，它与测序深度和覆盖度都没有关系。k-mer就是序列拼接中所说的k值，k值可以认为是片段的大小。据我所知，在序列拼接中，得到的read还要达成更小的片段，片段的大小可以理解为k值。k值是算法中的一种参数，具体是什么，是没法解释。
但是，不同的k值对于序列的拼接有不同的影响。
对于lz的追问说read的问题，不同的测序手段read不一样，有的是随机打...
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对于你提问的k-mer，它与测序深度和覆盖度都没有关系。k-mer就是序列拼接中所说的k值，k值可以认为是片段的大小。据我所知，在序列拼接中，得到的read还要达成更小的片段，片段的大小可以理解为k值。k值是算法中的一种参数，具体是什么，是没法解释。
但是，不同的k值对于序列的拼接有不同的影响。
对于lz的追问说read的问题，不同的测序手段read不一样，有的是随机打断的，read长度就不一样。可以mapping到基因组上的read越多，大概可以理解为测序覆盖度越好
希望回答对你有帮助
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