对未知物种的引物设计,genbank对该基因暂无数据,怎么办?求软件我有一对引物对一个科的种类能较好的扩增,我现在想研究另一个科的.我发现无论是文献还是genbank都暂无这方面资料.我想通过

来源:学生作业帮助网 编辑:六六作业网 时间:2024/12/28 09:58:37
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对未知物种的引物设计,genbank对该基因暂无数据,怎么办?求软件
我有一对引物对一个科的种类能较好的扩增,我现在想研究另一个科的.我发现无论是文献还是genbank都暂无这方面资料.我想通过临近的另几个科的数据来设计引物.因为是要根据好几条已知序列来做,所以求教有什么软件较好?primer5一直载入aln错误,其他很多软件都是根据1条基因来设计引物的,不支持多条基因.

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多序列比对,找到保守序列,把保守序列导入到prime5中设计引物.尽量保证让所有的primer序列落到保守区或者primer3'端落到保守区

对未知物种的引物设计,genbank对该基因暂无数据,怎么办?求软件我有一对引物对一个科的种类能较好的扩增,我现在想研究另一个科的.我发现无论是文献还是genbank都暂无这方面资料.我想通过 试举两个进行PCR引物设计的生物信息学程序,并选用其中的任何一个对GenBank登录号为MMU41636 的序列设计一对PCR引物,要求产物长度为1000-1500bp,引物Tm值范围为40℃-60℃,引物GC%为40%-60%,请写出具体 求助简并引物的设计克隆一个基因,该物种的序列不知道,根据其他物种该基因的序列进行同源比对后设计,是氨基酸比对好些,还是CDS比对好些啊?另外比对之后具体该怎么操作啊.在下是新手,希 引物设计,用PRIMER 5 设计引物时,有的mRNA设计出来的引物序列,即使最高分的那对,也有二聚体或交叉,该怎么调整,或怎么设计这种mRNA的引物序列. 简并引物 设计软件有Fasta格式的比对文件想设计简并引物该用什么软件? blast检验引物特异性NCBI上没有我所要物种的某基因序列,设计引物时我用人的序列做模版,想问下还有没有blast比对的意义,如果有该怎样去比对呢, pp5引物设计用PRIMER自动搜索设计的多对引物中,能不能用一对引物的上游与另一对引物的下游配对 PCR产物测序问题.我用简并引物扩增未知基因.设计了几对引物.都出现了目的条带.发现其中两对引物的产物长度比较长.因为我最终是要拿到这个未知基因的全长.我想选择最长的目的条带去测 想问下各位高人,设计引物时没有所找物种的基因序列,想问下怎么进行多物种序列比对,找到相对保守区域呢希望各位能给与详细指导,谢谢大家 根据GenBank中p53基因的部分序列),设计引物,确定RT-PCR的参数,检测 p53基因在血细胞中的表达情况.根据GenBank中p53基因的部分序列(GenBank登录号:AF136270.1),设计引物,确定RT-PCR的参数,检测 p53基因 我现在有了一个基因的cDNA序列,现在想找到这个基因的内含子序列,怎么办?听说有一种方法是找相近物种该基因的全序列,然后做比对然后找到内含子位置,再设计引物将内含子区域测序?有没有 引物设计区域选择问题.我设计兼并引物.多序列比对发现三个保守区.一个在中上游,一个在中游,一个在下游.有经验的朋友能告诉我我该选哪个保守区设计引物吗?设计多少对比较好?用来扩增 在GENBANK上面查到的线粒体DNA序列,接下来怎么设计PCR引物?序列如下,是CYTB的>gi|207266417:13707-14849 Falco tinnunculus mitochondrion, complete genomeATGGCACCCAACATTCGAAAATCACACCCCCTAATAAAAATAATCAACAACTCCCTAATCGACCTCCCCACCCCATCC 设计引物要先对模板DNA测序吗?不测序的话又如何知道能设计出碱基互补的引物呢?设计引物是否就是对引物长度的设计?(因为模板是已经存在的,引物只能根据模板序列设计) 双名制对每一物种的命名都包括该物种的什么 接头 和引物 是怎么设计的?有物种的区别么? 构建基因组文库筛选目的基因(未知基因)通常采用探针杂交的方法,既然是未知基因,理论上对它的核苷酸序列是一无所知,探针的序列从何而来?此外,为什么不用探针的序列设计引物PCR来得 文献上看到一种蛋白,有基因序列号,可是上genbank blast一下,只有它自己,怎么设计引物?