请教下NCBI中blastn和p,x还有tblastn,x有什么区别?RT 3Q
来源:学生作业帮助网 编辑:六六作业网 时间:2024/11/25 12:30:39
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RT 3Q
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blastn 是用DNA序列去检索其匹配序列时的选项,告诉程序你的序列是核酸序列,你希望检索核酸库,是最常用的一种检索方式.balstp是用蛋白序列去检索时的选项.blastx是你希望数据库把你提交的序列去同时检索DNA库和蛋白库.tblastn是你提交的是DNA序列,你希望程序自动将其翻译后去检索相匹配的蛋白序列.所以,选择什么检索方式是根据你提交的序列种类和你希望检索出来的序列种类来决定的.
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求高人指教,关于生物信息学中NCBI数据库的blastn的用法.这里有一段基因序列CTGAAATGTGGAGTCAAACCTTGTACTAAGTTGGGCAATGTGGGAGCAGGAACAAAATGGTCCTTGGCCTCATAAGTGTTTTACTGTCTGGGCCCGTGACTGGCCAAGTGACCCTCAGCCTGAGTAGCTGGAGTGGTAAGTCAGTGACATG
NCBI的blastn 引物比对与ACCESSION的问题碱基序列tcgccgaaagagttagcannnnnnnnnaatccatccctgtcggtg(实为一对引物的合并序列)在NCBI的blastn中,与ACCESSION:AY070235 (Align two or more sequences)可100%匹配,见图参数选
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