请问所谓的分子或蛋白质的柔性对接的概念什么?
来源：学生作业帮助网 编辑：六六作业网 时间：2024/11/23 06:14:26
请问所谓的分子或蛋白质的柔性对接的概念什么?
请问所谓的分子或蛋白质的柔性对接的概念什么?
请问所谓的分子或蛋白质的柔性对接的概念什么?
分子对接是指两个或多个分子通过几何匹配和能量匹配相互识别的过程,在药物设计中有十分重要的意义.药物分子在产生药效的过程中,需要与靶酶相互结合,这就要求两个分子要充分接近并采取合适的取向以使二者在必要的部位相互契合,发生相互作用,继而通过适当的构象调整,得到一个稳定的复合物构象.通过分子对接确定复合物中两个分子正确的相对位置和取向,研究两个分子的构象特别是底物构象在形成复合物过程的变化是确定药物作用机制,设计新药的基础.分子对接计算把配体分子放在受体活性位点的位置,然后按照几何互补、能量互补以及化学环境互补的原则来评价药物和受体相互作用的好坏,并找出两个分子之间最佳的结合模式.
分子对接的最初思想源自于“锁和钥匙”的模型,即“一把钥匙开一把锁”.不过分子对接,也就是药物分子和靶酶分子间的识别要比“钥匙和锁”的模型要复杂的多,首先表现在药物分子和靶酶分子是柔性的,这样就要求在对接过程中要相互适应以达到最佳匹配；再者,分子对接不仅要满足空间形状的匹配,还要满足能量的匹配,底物分子与靶酶分子能否结合以及结合的强度最终是由形成此复合物过程的结合自由能的变化值决定.互补性和预组织是决定分子对接过程的两个重要原则,前者决定识别过程的选择性,而后者决定识别过程的键和能力.互补性包括空间结构的互补性和电学性质的互补性.受体和底物分子在识别之前将受体中容纳底物的环境组织的愈好,其溶剂化能力就越低,则它们的识别效果愈佳,形成的复合物越稳定,这就是分子识别的预组织原则.
分子对接的种类主要包括：
刚体对接：指在对接过程中,研究体系的构象不发生变化.适合考察比较大的体系,如蛋白质和蛋白质间以及蛋白质和核酸之间的对接.
半柔性对接：指在对接过程中,研究体系尤其是配体的构象允许在一定的范围内变化.适合处理大分子和小分子间的对接,对接过程中,小分子的构象一般是可以变化的,但大分子是刚性的.
柔性对接：指在对接过程中,研究体系的构象基本上可以自由变化的.一般用于精确考虑分子间的识别情况.由于计算过程中体系的构象可以变化,所以计算耗费最大.
目前已经有多个分子对接软件得到广泛应用 ,包括：DOCK,AUTODOCK,FIexX,Affinity,GOLD等.各个软件各有所长,在实际使用中可互补,当使用一个软件对接结果不好时,可以尝试换另外一个软件,可能取得较高的效果.
蛋白质与蛋白质间的相互作用在生物体内具有极其重要的意义 .确定蛋白质间的相互作用的机制对生物调节和药物设计都是关键的步骤 .近年来 ,随着计算机和软件技术的发展 ,使建立蛋白质 -蛋白质复合物模型成为可能 ,为研究蛋白质间的相互作用提供了直观和比较准确的参考 .目前的蛋白质 -蛋白质对接软件将对接的两个蛋白质看成刚性 ,并不考虑蛋白质对接时的柔性 ,即没有考虑由于界面氨基酸间的相互作用而导致的界面...
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蛋白质与蛋白质间的相互作用在生物体内具有极其重要的意义 .确定蛋白质间的相互作用的机制对生物调节和药物设计都是关键的步骤 .近年来 ,随着计算机和软件技术的发展 ,使建立蛋白质 -蛋白质复合物模型成为可能 ,为研究蛋白质间的相互作用提供了直观和比较准确的参考 .目前的蛋白质 -蛋白质对接软件将对接的两个蛋白质看成刚性 ,并不考虑蛋白质对接时的柔性 ,即没有考虑由于界面氨基酸间的相互作用而导致的界面结构的变化 .本文在直接的蛋白质 -蛋白质刚性对接的基础上 ,应用动力学模拟的方法 ,对刚性对接的结构进行蛋白质界面的构象搜索 ,此结果在一定程度上考虑了界面氨基酸间的相互作用 ,使得到的复合物结构更接近真实状态.
鳞状上皮细胞癌抗原2与组蛋白G的柔性对接研究----高等学校化学学报;Chemical Research In Chinese Universities;2003年 10期
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