请问DNA 在 SHOTGUN SEQUENCING 后如何组合成原来的DNA就是在用那个 string graph 来组合回原来的DNA 序列的时候,如果遇到其中某一段（即GRAPH中的一个节点）是取的不同方向（即是DNA中的另外一个DNA
来源：学生作业帮助网 编辑：六六作业网 时间：2024/12/28 08:29:31
请问DNA 在 SHOTGUN SEQUENCING 后如何组合成原来的DNA就是在用那个 string graph 来组合回原来的DNA 序列的时候,如果遇到其中某一段（即GRAPH中的一个节点）是取的不同方向（即是DNA中的另外一个DNA
请问DNA 在 SHOTGUN SEQUENCING 后如何组合成原来的DNA
就是在用那个 string graph 来组合回原来的DNA 序列的时候,如果遇到其中某一段（即GRAPH中的一个节点）是取的不同方向（即是DNA中的另外一个DNA链）的话,应该如何修改string graph呢
我的意思是，完全不知道这些段里面，哪些是来自一条链的，哪些是来自另一条链的,所以有的段是正向（foward),有的段是反向相反（reverse complement).
在这种情况下，应该怎么修改原来的拼接图，可以得到原来的DNA。
请问DNA 在 SHOTGUN SEQUENCING 后如何组合成原来的DNA就是在用那个 string graph 来组合回原来的DNA 序列的时候,如果遇到其中某一段（即GRAPH中的一个节点）是取的不同方向（即是DNA中的另外一个DNA
你是指在拼接的时候如果只知道双链里另一条链的情况吗?
序列片段组装过程一般包括三个步骤。首先进行序列片段的两两比较，确定可能的片段之间的覆盖（或者重叠）；在此基础上，确定所有片段统一的覆盖模式，即确定各个序列片段的相对位置；最后确定片段组装结果，即确定目标序列。对于第一步，由于测序得到的片段准确性比较高（99.9%），所以寻找序列之间的重叠比寻找不同序列的相似子序列容易得多。在实际应用中，只要两个序列片段重叠部分的长度大于一定的值，则可以将这两个片段...
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序列片段组装过程一般包括三个步骤。首先进行序列片段的两两比较，确定可能的片段之间的覆盖（或者重叠）；在此基础上，确定所有片段统一的覆盖模式，即确定各个序列片段的相对位置；最后确定片段组装结果，即确定目标序列。对于第一步，由于测序得到的片段准确性比较高（99.9%），所以寻找序列之间的重叠比寻找不同序列的相似子序列容易得多。在实际应用中，只要两个序列片段重叠部分的长度大于一定的值，则可以将这两个片段连接起来。确定所有片段统一的覆盖模式是序列片段组装过程中最关键的一步，一旦确定了各个序列片段的相对位置，将很容易得到目标序列。序列片段组装目标序列的三种基本模型，即最短公共超串模型、重建模型以及多重连续区模型。
每种模型对应不同的算法，如贪婪算法等`，要想完全了解这些问题，建议你去看一下相关书籍如：《基因组》[英]T.A.布朗著；袁建刚译等。
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