在NCBI中如何查询基因的功能就是说,知道一个基因的名称,想知道功能,在NCBI中如何查询.我只知道怎么查询基因的位置.还有想问问,如果知道一个区域,怎么知道这个区域里有哪些基因?楼下说的
来源:学生作业帮助网 编辑:六六作业网 时间:2024/11/22 14:21:09
在NCBI中如何查询基因的功能就是说,知道一个基因的名称,想知道功能,在NCBI中如何查询.我只知道怎么查询基因的位置.还有想问问,如果知道一个区域,怎么知道这个区域里有哪些基因?楼下说的
在NCBI中如何查询基因的功能
就是说,知道一个基因的名称,想知道功能,在NCBI中如何查询.我只知道怎么查询基因的位置.还有想问问,如果知道一个区域,怎么知道这个区域里有哪些基因?
楼下说的ORF有是什么呢?ORF在数据的什么地方呢?
fasta格式有是什么呢?
在NCBI中如何查询基因的功能就是说,知道一个基因的名称,想知道功能,在NCBI中如何查询.我只知道怎么查询基因的位置.还有想问问,如果知道一个区域,怎么知道这个区域里有哪些基因?楼下说的
知道了名字,在搜索框里输入后可以看到相应的搜索结果,然后点击进去,有个“MIM”(在线孟德尔遗传)就可以看到它的功能.
ORF是开放阅读框,指的是mRNA上编码氨基酸的那段序列,从AUG开始,直到终止子,但是不包括终止子.ORF的数据在进入NCBI主页的右下侧一个叫ORFfinder的超链接里,点击进去后输入相应序列的mRNA序列,然后再点击ORF find就可以预测处它的ORF,但是往往会有很多结果,一般来说第一个结果是真实的,其余的都是假阳性的.
fasta格式指的就是一个大于号开头,后面跟上这段序列的描述,然后另起一行就是数列,给你个例子你就知道了,如下,这就是人类USF1 mRNA的fasta格式
>gi|46877100|ref|NM_007122.3| Homo sapiens upstream transcription factor 1 (USF1),transcript variant 1,mRNA
AACATGGCCGCGGGCTGGAAGTGCGCATGAGCAGCTGTCTATGGAGATACCTAGGCCGGGAGAGGGAGAA
CACAGTTGGAGAAAATCGGCAGCTGAGACGGCCTTGGCCGGACTTAGCACTCAGGCCTGTGAATCAGGAG
ATACAAAGACCTCCAAAAAAGGACCAGTTCCTCGGATGTGCCCCCTCACAGAGAGATGAAGGGGCAGCAG
AAAACAGCTGAAACGGAAGAGGGGACAGTGCAGATTCAGGAAGGTGCAGTGGCTACTGGGGAAGACCCAA
CCAGTGTGGCTATTGCCAGCATCCAGTCAGCTGCCACCTTCCCTGACCCCAACGTCAAGTACGTCTTCCG
AACTGAGAATGGGGGCCAGGTGATGTACAGGGTGATCCAGGTGTCTGAGGGGCAGCTGGATGGCCAAACT
GAGGGAACTGGCGCCATCAGTGGCTACCCTGCCACTCAATCCATGACCCAGGCGGTGATCCAGGGTGCTT
TCACCAGTGATGATGCAGTTGACACGGAGGGGACAGCTGCTGAGACGCACTATACTTACTTCCCCAGCAC
GGCAGTGGGAGATGGGGCAGGGGGTACCACATCGGGGAGTACAGCTGCTGTTGTTACTACCCAGGGCTCA
GAGGCACTGCTGGGGCAGGCGACCCCTCCTGGCACTGGTCAATTCTTTGTGATGATGTCACCACAAGAAG
TACTGCAGGGAGGAAGCCAGCGCTCAATTGCCCCTAGGACTCACCCTTATTCCCCGAAGTCAGAAGCTCC
CCGGACGACTCGGGATGAGAAACGCAGGGCTCAGCATAATGAAGTGGAGCGTCGCCGCCGAGACAAGATC
AACAACTGGATCGTGCAGCTCTCCAAGATAATCCCAGACTGCTCTATGGAGAGCACCAAGTCTGGCCAGA
GTAAAGGTGGGATTCTATCCAAAGCTTGTGATTATATCCAGGAGCTTCGGCAGAGTAACCACCGCTTGTC
TGAAGAACTGCAGGGACTTGACCAACTGCAGCTGGACAATGACGTGCTTCGACAACAGGTGGAAGATCTT
AAAAACAAGAATCTGCTGCTTCGAGCTCAGTTGCGGCACCACGGATTAGAGGTCGTCATCAAGAATGACA
GCAACTAACTATGGGGATTCAGGGGCTTTGGGCCCAAGAACTGCAGATAGCCCAGGAGCAACAGCCTAAT
CCCGTGCCCCTTTCCTTCACTGCCCCACTTCTGGCATGGGACAGGGGGAAGTTCAGAAGGTGTGTCCTTG
AACTGAGGCCCTGTGATATGGCGGCCTGCAGTGGTGTGAAACACACAATGTGGACGTGCACTGACAGCCT
TGCCCACCCCCACCATGCAGCCCCTGGGCCCTTGTGCTCCTCTCGCACAATGCATGTGCTGTCTCCATGC
TGGATACTGGACACACTAAACTCTGGGGCTTGTCCTGTGCTTGCTTAGAGTGCCCAGCAGAGGTTTGCTG
ACAGGTGATGCTCTGGCTTGCCCCAGGACTCTGGCACTTCCATTGGTTCTTCCTTTCCCTGGAGCTGAGG
TTTAGATGTGCAACCTGTGGCTCAGGGGAGCAAGCTTACACAAGAAGTGAGGGAAGGATGTTTAGCAGTG
GCTGGTGCCCATGAAGAGGAGATTGGCCAGTGAGAAGCTGAGGCCTATGCAGACATCTCTGGAGCCAGAG
AGAACAACAGGCAGGGGCCCACTTGGGGCCTTCCCCCTTGTGGGGGTCGTTTTTTTTTTTTCTTTTCTTT
TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAGATAAAATTGTTCAAAGCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAA
这就是fasta格式,你可以以TXT的方式保存,也可以以后缀名为.fasta的方式保存,然后以文本文件打开就行了,说白了就是个文本文件呵呵.一般情况下这样就可以了,但是如果用blast2go来做GO分类的话,就必须用.fasta来保存,否则该软件不识别.详细的在NCBI上都有的,自己可以去看.
ORF 开放阅读框 open reading frame
基因的功能,你就要看具体的注释信息了。这个一般是要自己动手动眼睛去查找。
上面有注释的啊~
或者用fasta格式看,在前几行
1.。知道基因的名称,建议在数据库中搜索相关文献(发表该基因时候的文献),一般都有功能方面的探讨,,否则也不会发文章出来了
2.。如果知道一个区域,那么到专业一点的数据库里面去找有什么基因
区域最好小一点吧,不要太大。看起来很麻烦的...
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1.。知道基因的名称,建议在数据库中搜索相关文献(发表该基因时候的文献),一般都有功能方面的探讨,,否则也不会发文章出来了
2.。如果知道一个区域,那么到专业一点的数据库里面去找有什么基因
区域最好小一点吧,不要太大。看起来很麻烦的
收起
功能需要你去看人家在注释上列出的参考文献。不过有些对基因功能也是有简单描述的。
知道一个序列的话可以去用ORF搜寻。