石榴叶绿体DNA提取的具体步骤?药品浓度用量能注明~

来源:学生作业帮助网 编辑:六六作业网 时间:2024/12/19 00:53:20
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http://www.cnki.com.cn/Article/CJFD2005-NNXB200502014.htm
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石榴(Punica granatum L.)为石榴科石榴属植物,作为栽培的只有一个种,即石榴.目前石榴的科研工
作还比较薄弱,各地品种混杂,同物异名、同名异物现象十分严重_I],给生产和科研带来极大的不便,所以
对各地品种进行系统分类鉴定有很大的生产和科研价值.传统的鉴定方法如形态鉴定、花粉鉴定、同工酶
鉴定等都有一定的局限性[ ,随着分子生物学的发展,从DNA水平上进行分子鉴定显示出巨大的优
越性.石榴是多年生果树,育种周期较长,从 DNA水平上进行遗传标记的分析研究,可以对遗传性状进行
预先选择,缩短育种年限.而这些工作的前提是提取高质量的DNA.DNA的提取方法_3 6_在苹果和梨、桃
等方面研究较多,石榴DNA的提取方法研究目前还少见报道,作者对此进行了初步的探讨研究.
1 材料和方法
1.1 材料
试验材料分别来源于四川攀枝花市农科所、云南会理、山东果树研究所、陕西石榴研究所等,选择‘青
皮软籽’、‘甜绿子’、‘泰山红’、‘净皮甜’石榴品种为试验材料.
收稿日期:2005—03一【)8
基金项目:河南省科技攻关项目(0422050013)
作者简介:陈延惠(1963一),女,河南南阳人,副教授,硕士,主要从事果树遗传育种和教学工作.通讯作者:朱道圩
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第2期 陈延惠等:不同方法对石榴叶片DNA提取效果的影响
1.2 仪器与设备
Hettich D-78532低温高速离心机,Bekaman核酸蛋白分析仪,DYY一8B型电泳仪等,由河南省农科院分
子生物学重点试验室提供.
1.3 试剂
(1)2 X CTAB缓冲液:100 mmol·L 晡s.HCl(pH 8.0),1.4 tool·L~ NaCl,80 mmol·L~ EDTA,质量分数为
2% CTAB,体积分数为2% BME;(2)CTAB沉淀缓冲液:50 mmol·L~Tns—HC1(pH 8.0),10 mmol·L一1 EDTA(pH
8.0),质量分数为1% CTAB(3)质量分数为10% CTAB/NaC1:质量分数为10% CTAB,0.7 mo1.L’ Nacl;(4)高
盐TE缓冲液:10 mmol·L 瞄s—HCl(pH 8.0),0.1 mmol·L EDTA(pH 8.0),l tool·L~NaC1;(5)TE缓冲液:l0
mmol·L 1hs—HC1(pH 8.0),0.1 mmol·L.EDTA;(6)SDS提取缓冲液:10 mmol·L 瞄s—HC1(pH 8.0),100
mmol·L~NaC1,50 mmol·L EDTA(pH 8.0),质量分数为2% SDS,体积分数为2% BME;(7)PmaseA贮液:l0
mg·mL~;(购于上海生工生物工程公司)(8)5 mol·L~KAC;(9)液氮;(10)I,(氯仿):I,(异戊醇)=24:l:(11)
3 mo!·L NaAC(pH 5.2);(12)异丙醇;(13) (苯酚): (氯仿)=l:l;(14)琼脂糖、Taq酶及引物S 473
(GGAGTGCCTC)(购于上海生物工程公司)(15)体积分数为70% 乙醇;(16)无水乙醇.
1.4 DNA的提取方法
1.4.1 DNA的提取和纯化取2 g石榴叶片放人预冷的研钵中,加人适量石英砂,液氮快速研磨成粉末.
在粉末融化之前分装于4支I.5 mL离心管中,立即分别加人65 c【=预热的4种提取缓冲液.其中2管分别
加人50OraL 2 X CTAB提取缓冲液,管上分别标记CTAB I,CTABⅡ.另2管分别加人500 gL SDS提取缓冲
液,管上分别标记SDS I,SDSⅡ,轻轻震荡几下,使粉末均匀分布在提取液中,放人水浴锅65℃水浴.CTAB
法保温l h,SDS法保温30 min,其问混匀几次.然后按以下方法分别提取、纯化.
1.4.1.1 SDS I法 (1)加人等体积 (氯仿): (异戊醇)=24:l,12 000 r·min.,4℃条件下,离心10 min,
抽提两次.(2)取上清,加人2/3体积冷异丙醇(一20℃),室温沉淀30 min.(3)10 000 r·min~ ,4℃条件下
离心10rain,沉淀分别用体积分数为70%乙醇和无水乙醇各清洗1次,放在超净工作台上吹干.(4)沉淀溶
于适量高盐TE中,如不能完全溶解,65℃水浴10 min.(5)加人2倍体积无水乙醇,~20℃沉淀30 min.
(6)勾出DNA沉淀,放在超净工作台上吹干沉淀.
1.4.1.2 SDSⅡ法 (1)加人1/3体积冷KAC溶液,立即冰上放置30 min.(2)12 000 r·min~ ,4℃ 条件
下,离心10 rain,取上清,加人等体积的l,(氯仿):I,(异戊醇)=24:l,12 000 r·min~,4℃条件下,抽提2次.
(3)加入2/3体积(一20℃)冷异丙醇,室温沉淀30 min,10 000 r·min~,4℃条件下,离心10 min,沉淀分别
用体积分数为70% 乙醇和无水乙醇各清洗1次,放在超净工作台上吹干.
1.4.1.3 CTAB I法 (1)加人等体积I,(氯仿):l,(异戊醇):24:l,12 000 r·min~,4℃ 条件下,离心10
fnjn,抽提2次.(2)取上清,加人2/3体积一20%冷异丙醇,室温沉淀30 min.(3)10 000 r·min~,4℃条件
下,离心10 min,分别用体积分数为70% 乙醇和无水乙醇清洗1次.(4)放在超净工作台上吹干沉淀.
1.4.1.4 CTABⅡ (1)加人等体积l,(氯仿):l,(异戊醇)=24:l,12 000 r·min.,4℃条件下,离心10 min
抽提2次.(2)取上清,加人1/10体积65℃ 预热的质量分数为10% CTAB/NaC1溶’液,加人等体积l,(氯
仿): (异戊醇)=24:l抽提1次.(3)重复步骤(2),吸上清加人等体积CTAB沉淀液,65qC,水浴30 min.
(4)用适量高盐TE溶解沉淀,65℃,水浴30 min.(5)加人2/3体积一20℃冷异丙醇,混匀后10 000 r.
mi ~,4℃条件下,离心10 min.(6)加人体积分数为70% 乙醇和无水乙醇各清洗沉淀1次,在超净工作
台上吹干.
以上各方法所得4种DNA分别溶于100 TE中,各加人3 RNaseA,37℃保温30 min.加人20o TE,加
人等体积l,(氯仿):I,(异戊醇)=24:l,10(100 r·min~,4c【=条件下,离心10 min.取上清,各加人1/10体积冷
NaAc,再加人2倍体积无水乙醇,一20℃沉淀30 min,用枪头勾出沉淀,用体积分数为70% 乙醇和无水乙醇各清
洗1次,超净工作台吹干,溶于l00 TE中,一20%长期保存.统计时取4次试验结果的平均值.
1.4.2 DNA的检测方法
1.4.2.1 DNA的纯度和得率检测4种方法所得DNA用核酸蛋白分析仪进行测定,取l L DNA溶液,用
rE稀释50倍,TE作为空白对照,测得相应的OD值,若0D值介于1.8~2.0,则DNA纯度较好,有
DNA得率/( g·g )=A260 x 50 X稀释倍数/叶片质量.
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河南农业大学学报 第39卷
1.4.2.2 DNA的电泳检测 取3~5 tzL DNA混合1/10 loading bufer点样,琼脂糖质量分数1% ,电解缓冲
液为1XTAE,琼脂加热后冷却到50~60~C时加入3 L EB,电压为96、 ,电泳大约1 h后,在紫外凝胶成像
系统下观察摄像,并检测其分f量.
1.4.2.3 RAPD检测 RAPD反应条件为:94~C 预变性4 min;94~C 变性1 min,37~C退火1 min,72℃延伸2
min,共45个循环,72℃ 总延伸7 min;RAPD反应体系为:反应体系为25 ,内含:模板DNA(60 ng" L一 )1
tzL,引物S 473 l ,10×Reaction Buffer 2.5 ,dNTP混合液2 tzL,Taq酶0.2 tzL,ddH20 18.3 .
1.4.3 比较不同EDTA浓度的提取效果 分别用20,30,50,80 mmol·L EDTA浓度比较提取效果,DNA的
点样量为2 f』L.
1.4.4 比较不同取材时期对DNA的提取效果 用CTAB I法对甜绿籽扦插幼叶和大田幼叶提取效果进
行比较,以研究本试验是否受材料来源和生长季节的限制.