已经有转录组测序结果,怎么看是否含有某个基因?已经有转录组测序的完整结果,但是不知道怎么确定该植物是否含某个基因.查出来该基因的序列,要与测序结果中的所有序列一条条比对吗,工
来源:学生作业帮助网 编辑:六六作业网 时间:2024/12/27 11:52:17
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已经有转录组测序结果,怎么看是否含有某个基因?
已经有转录组测序的完整结果,但是不知道怎么确定该植物是否含某个基因.查出来该基因的序列,要与测序结果中的所有序列一条条比对吗,工作量好大
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是有参考基因组的还是de novo的结果,如果有参考基因组的,那么可以通过这个基因名称在注释结果中查找是否有这个基因,序列信息需要在参考基因组中查找,如果是没有参考基因组的,那么拼接结果是一个fasta格式的文件,可以用blast软件进行比对.
有专门的软件,你找你们老师一问就知道了,非常简单的。
貌似 木有什么工作量吧 就是一个比对而已
用基因探针,可配对既含有某基因
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