基因测序中的kmer是什么意思

来源：学生作业帮助网编辑：六六作业网时间：2024/11/28 20:21:47

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基因测序中的kmer是什么意思
基因测序中的kmer是什么意思

基因测序中的kmer是什么意思
k-mer指的是将一条read,连续切割,挨个碱基划动得到的一序列长度为K的核苷酸序列.
比如以下这条read：
ATCGTTGCTTAATGACGTCAGTCGAATGCGATGACGTGACTGACTG
如果是13-mer分析的话
ATCGTTGCTTAAT
TCGTTGCTTAATG
CGTTGCTTAATGA
GTTGCTTAATGAC
……

是kilo mer的意思，就是千个聚合单位，mer来源于希腊语的meros表示“单位”或者“部分”。比如单体的monomer，聚合体的polymer，或者聚合酶polymerase。这里可以认为等同于核酸单位nt（因为是单链所以不用bp，base pair）

kmer就是长度为k的核苷酸序列二楼回答的不错

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