检测到一段N端氨基酸序列DNSCTGEHARYPMVWFIK,现要作PCR扩基因,在NCBI上blast找不同源的,请问怎么设计引根据质谱检测得到一段N端氨基酸序列DNSCTGEHARYPMVWFIK,现在需要作PCR扩基因,在NCBI上blast找不到同
来源：学生作业帮助网 编辑：六六作业网 时间：2024/12/23 20:41:20
检测到一段N端氨基酸序列DNSCTGEHARYPMVWFIK,现要作PCR扩基因,在NCBI上blast找不同源的,请问怎么设计引根据质谱检测得到一段N端氨基酸序列DNSCTGEHARYPMVWFIK,现在需要作PCR扩基因,在NCBI上blast找不到同
检测到一段N端氨基酸序列DNSCTGEHARYPMVWFIK,现要作PCR扩基因,在NCBI上blast找不同源的,请问怎么设计引
根据质谱检测得到一段N端氨基酸序列DNSCTGEHARYPMVWFIK,现在需要作PCR扩基因,在NCBI上blast找不到同源的,请问应该怎么设计引物?不好意思只有40分,不然给100分.
检测到一段N端氨基酸序列DNSCTGEHARYPMVWFIK,现要作PCR扩基因,在NCBI上blast找不同源的,请问怎么设计引根据质谱检测得到一段N端氨基酸序列DNSCTGEHARYPMVWFIK,现在需要作PCR扩基因,在NCBI上blast找不到同
首先说明,如果想从蛋白质入手找基因序列,由于同源性较低,不推荐这么做,但是你执意如此,不是没有办法,就是成功率比较低.
第二,蛋白质N端起始都是M,你检测出的D是因为没有到起始位置,还是蛋白质有后修饰加工,抑或质谱结果不准?请查明.
第三,按照你所得到的氨基酸序列,其mRNA序列应该是：
5'-GAU(C) AAU(C) AGU(C) UGU(C).UUU(C) AUU(C,A) AAA(G) -3'（序列太长,我就不一一写出了,自己去翻译）.
其反义序列就其全部翻译过来,因该是：
5‘-T(C)TT A(T,G)AT T(G)TT.A(G)CA A(G)CT A(G)TT A(G)TC-3'.
在DNA序列中如下字母表示,M=A or C,R=A or G,W=A or T,S=C or G,Y=C or T,K=G or T,V=A or C or G,H=A or C or T,D=A or G or T,B=C or G or T,N= A or C or G or T.
所以,其mRNA换成DNA序列应该是：
5‘-GAY AAY AGY TGY.AAM ATH AAR-3'
其反义链应该是：
5’-YTT DAT KTT.RCA RCT RTT RTC-3'.
用此两条DNA,至少选取其中30个以上碱基序列定购引物（由于引物特异性较差,建议碱基数不要太少）,做别做5’-RACE和3‘-RACE（RACE,Rapid Amplification of cDNA End,如果不会自己去查,是一种在只知道基因部分序列情况下扩增整个mRNA的方法）扩增出该基因的5’端和3‘端,将其拼接即为整条基因序列.