已知蛋白质N端序列,要想扩增其全基因,怎样设计引物?从5'端or3‘端如果N端序列为TNTPE请问下上游引物应为ACN AAY ACN CCN GAR 还是TGNTTRTGNGGNCTY?

已知蛋白质N端序列,要想扩增其全基因,怎样设计引物?从5'端or3‘端如果N端序列为TNTPE请问下上游引物应为ACN AAY ACN CCN GAR 还是TGNTTRTGNGGNCTY?
已知蛋白质N端序列,要想扩增其全基因,怎样设计引物?从5'端or3‘端
如果N端序列为TNTPE请问下上游引物应为ACN AAY ACN CCN GAR 还是TGNTTRTGNGGNCTY?

已知蛋白质N端序列,要想扩增其全基因,怎样设计引物?从5'端or3‘端如果N端序列为TNTPE请问下上游引物应为ACN AAY ACN CCN GAR 还是TGNTTRTGNGGNCTY?
首先请上NCBI BLAST搜索之(blastp).或许可以直接查到你研究物种的基因序列.即使没有,有近缘物种的基因序列也是个好的参考,通过比对,选择序列保守区设计引物.
若搜索不到任何信息,就需要通过设计兼并引物.比如你的蛋白质N端序列为
MTAGSR...
上游引物即为5'-ATG NNN NNN ...-3'(参考那个密码子表,和兼并碱基的标法,吾手头没有,记不住额)
下游引物就得反过来,假设蛋白序列为 N-XX-C 其编码DNA为 5'-GAN GAN-3'
则下引物为 5'-NTC NTC-3'

单链DNA在互补寡聚核苷酸片段的引导下，可以利用DNA聚合酶按5’→3’方向复制出互补DNA。这时单链DNA称为模板DNA，寡聚核苷酸片段称为引物（Primer），合成的互补DNA称为产物DNA。双链DNA分子经高温变性后成为两条单链DNA，它们都可作为单链模板DNA，在相应的引物引导下，用DNA聚合酶复制出产物DNA。PCR反应应用以上的基本过程，分别在待复制的已知序列DNA分子两端各设计一条引...

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单链DNA在互补寡聚核苷酸片段的引导下，可以利用DNA聚合酶按5’→3’方向复制出互补DNA。这时单链DNA称为模板DNA，寡聚核苷酸片段称为引物（Primer），合成的互补DNA称为产物DNA。双链DNA分子经高温变性后成为两条单链DNA，它们都可作为单链模板DNA，在相应的引物引导下，用DNA聚合酶复制出产物DNA。PCR反应应用以上的基本过程，分别在待复制的已知序列DNA分子两端各设计一条引物，其中在DNA 5’端的引物（Pl）对应于上链DNA单链的序列，3’端的引物（P2）对应于下链DNA单链的序列，Pl和P2按5’→3’方向相向配置。在含有引物、DNA合成底物dNTPs（dATP、dCTP、dGTP、dTTP 四种脱氧核糖核苷酸等摩尔数混合物）的缓冲液中，通过高温变性，使双链DNA变成单链DNA模板，降低温度复性，使引物与模板DNA配对，利用DNA聚合酶便可合成产物DNA。引物和dNTPs过量，则在同一反应体系中可重复高温变性、低温复性和DNA合成这一循环，使产物DNA重复合成，并且在重复过程中，前一循环的产物DNA可作为后一循环的模板DNA参与DNA的合成，使产物DNA的量按2n方式扩增，所以这一反应称为聚合酶链式扩增反应。理论上如果引物及dNTP的量能够满足，则这一过程可无限重复，使模板DNA无限扩增。PCR反应使几个DNA模板分子通过数小时扩增后增加到百万倍以上，因此能用微量样品获取目的基因，同时也完成了基因在体外的克隆，成为分子生物学及基因工程中极为有用的研究手段。另外在医学研究和医疗诊断中亦体现出极大的应用价值。
常规PCR反应用于已知DNA序列的扩增，反应循环数为25～35，变性温度为94℃，复性温度为37℃～55℃，合成延伸温度为72℃，DNA聚合酶为Taq酶（可耐受95℃左右的高温而不失活），DNA扩增倍数为106～109。
引物的设计在PCR反应中极为重要。要保证PCR反应能准确、特异、有效地对模板DNA进行扩增，通常引物设计要遵守以下几条原则：①引物长度：15~25个核苷酸；②CG含量为40%~60%；③Tm值高于55℃[Tm=4(C+G)+2(A+T)计算]；④引物与模板非特异性配对位点的碱基配对率小于70%；⑤两条引物间配对碱基数小于5个；⑥引物自身配对（特别是在引物的3’端）形成的茎环结构，茎的碱基对数不大于3。由于影响引物的设计的因素比较多，所以常常利用计算机来辅助设计。

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