如何用primer premier设计miRNA的茎环引物?希望详细点,
来源：学生作业帮助网 编辑：六六作业网 时间：2024/12/19 12:32:30
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实际上不需要Primer Plus,手工设计足够了,因为需要设计的只有6个碱基而已.
首先,为你的miRNA 3'-端最后6个碱基写一段完全互补的序列,然后接在一段固定的茎环结构模板序列上,就完成了.
比如：
hsa-miR-10a:5'- UACCCUGUAGAUCCGAAuuugug -3'
设计的引物就是：GTCGTATCCAGTGCAGGGTCCGAGGTATTCGCACTGGATACGACcacaaa
注意到小写部分是跟miRNA最后6个碱基互补的.只有这6个碱基是专门为miR-10a准备,而引物的其他碱基序列都是通用的,这一大段额外增加的茎环结构固定序列是为了提高PCR的熔解温度.
Chen C, Ridzon DA, Broomer AJ, Real-time quantification of microRNAs by stem-loop RT-PCR.Nucleic Acids Res. 2005 Nov 27;33(20):e179.
哦
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