分子中SSR是啥?
来源：学生作业帮助网 编辑：六六作业网 时间：2024/11/08 19:36:09
分子中SSR是啥?
分子中SSR是啥?
分子中SSR是啥?
简单重复序列(Simple Sequence Repeat,SSR)
简单重复序（SSR）也称微卫星DNA,其串联重复的核心序列为1一6 bp,其中最常见是双核苷酸重复,即（CA) n和（TG) n每个微卫星DNA的核心序列结构相同,重复单位数目10一60个,其高度多态性主要来源于串联数目的不同.SSR标记的基本原理：根据微卫星序列两端互补序列设计引物,通过PCR反应扩增微卫星片段,由于核心序列串联重复数目不同,因而能够用PCR的方法扩增出不同长度的PCR产物,将扩增产物进行凝胶电泳,根据分离片段的大小决定基因型并计算等位基因频率.在真核生物中,存在许多2-5bp简单重复序列,称为“微卫星DNA”其两端的序列高度保守,可设计双引物进行PCR扩增,揭示其多态性.
SSR具有以下一些优点：
（l）一般检测到的是一个单一的多等位基因位点；
⑵微卫星呈共显性遗传,故可鉴别杂合子和纯合子；
⑶所需DNA量少.显然,在采用SSR技术分析微卫星DNA多态性时必须知道重复序列两端的DNA序列的信息.如不能直接从DNA数据库查寻则首先必须对其进行测序.
SSR的分类
根据SSR核心序列排列方式的不同,可分为3种类型：
完全型（perfect）.指核心序列以不间断的重复方式首尾相连构成的DNA.如： ATATATATATATATATATATATATATATATATAT
不完全型（imperfect）.指在SSR的核心序列之间有3个以下的非重复碱基,但两端的连续重复核心序列重复数大于3.如：ATATATATGGATATATATATCGATATATATATATATATGGATATATATAT
复合型（compound）.指2个或2个以上的串联核心序列由3个或3个以上的连续的非重复碱基分隔开,但这种连续性的核心序列重复数不少于5.如：ATATATATATATATGGGATATATATATATA
3种类型中完全型是SSR标记中应用较多的一种类型.
SSR在植物基因组中的分布
SSR广泛分布于各种真核生物的基因组中,大约每隔10～50kb就存在一个SSR.哺乳动物中的SSR的数量大约为植物中的5～6倍.在植物中,平均23.3kb就有一个SSR；双子叶植物中的SSR数量大于单子叶植物,前者两个SSR之间的平均间距为21.2kb,后者为64.6kb；核DNA中的SSR数量多于细胞质DNA中的SSR,绝大多数单碱基重复型及2碱基重复型SSR存在于非编码区,3碱基重复型多位于编码区.
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