ncbi 蛋白质比对结果后会有保守域的预测,其中specific hit/non-specific hit

来源:学生作业帮助网 编辑:六六作业网 时间:2024/11/25 00:08:06
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ncbi 蛋白质比对结果后会有保守域的预测,其中specific hit/non-specific hit
以下是英文解释:
specific hits meet or exceed a domain-specific e-value threshold (illustrated example) and represent a very high confidence that the query sequence belongs to the same protein family as the sequences use to create the domain model
non-specific hits meet or exceed the RPS-BLAST threshold for statistical significance (default E-value cutoff of 0.01,or an E-value selected by user via the advanced search options)
照我理解的话,就是说specific hit就是铁定是这个家族的东西了,各种该保守的保守功能就跟这个家族的蛋白功能一样了,可以看做是正房太太的孩子;而non-specific hit就是说跟这个家族中保守区域绝大多数位置氨基酸是一样的,具有统计学意义,但是由于技术原因没有做过这种蛋白的具体功能,所以就是算偏房姨太太的孩子咯.

是在CDD上预测的吗?

ncbi 蛋白质比对结果后会有保守域的预测,其中specific hit/non-specific hit 如何在NCBI上预测以蛋白质的结构域 有谁知道NCBI blast检测基因序列比对结果怎么看的吗?求懂的大神们指教 NCBI Blast 中的黑色、蓝色、绿色、粉色和红色都是什么意思?在 NCBI 中进行核酸序列比对,比对结果的 Graphic Summary 中会有黑色、蓝色、绿色、粉色和红色的代表一些数值的标记, 双序列比对和多序列比对,哪种方法更能揭示蛋白质功能相关的保守序列片段?为什么? GKVVLIVNLAT DIRWNFEKFLI是我经蛋白质比对后选取的两个保守序列 怎么进行简并引物的设计 全序列为malhedkriplseysgkvvlivnlatyglnfqyhelnvlqetfpedfvitgfpcnqfalqepaangtelidglmhvrpgngfepnfrlfgkvevngenetplysylkescpstmdefmrsemlhya NCBI选择数据库我的测序结果在NCBI上比对后,Database选择Nucleotide collection(nr/nt)数据库时,相似度达到100%的有好几十种.选择NCBI genomes(chromosome)时,相似度100%的就只有几种.是什么原因,这两种数据 你克隆过未知的基因吧?我也要克隆一个未知基因.我有以下疑问:1,我克隆鱼的一个未知基因.我该找多少生物的该基因来比对找保守区.因为鱼类的比较少,就两种鱼NCBI里面有Sequence,还是预测 你好,你克隆过未知的基因吧?我也要克隆一个未知基因.我有以下疑问:1,我克隆鱼的一个未知基因.我该找多少生物的该基因来比对找保守区.因为鱼类的比较少,就两种鱼NCBI里面有Sequence,还是 我把在NCBI上比对结果为99%的序列,拿来和我的序列再用DNAMAN比对一下,发现相似度只有30%了,为什么呢?我有一段序列,在NCBI上比对之后,找到一段相似度99%的序列,然后手动将这两段序列用DNAMAN比 知道了一段序列 怎样用ncbi查看蛋白质的三级结构? ncbi上的blast序列比对工具怎么使用,求具体操作指南. 动物dna序列为什么在ncbi上比对完和植物的该基因相似 如何在NCBI中进行基因序列比对,比如小鼠p53基因与人类p53基因的比对 NCBI中蛋白质序列分析 怎么在NCBI上比对其他基因? 在NCBI氨基酸序列比对中,specific/nonspecific NCBI如何查蛋白质的结构域?比如我想搜索人类蛋白质中具有ABC结构域的蛋白,在structure里面输入什么?