你克隆过未知的基因吧?我也要克隆一个未知基因.我有以下疑问：1,我克隆鱼的一个未知基因.我该找多少生物的该基因来比对找保守区.因为鱼类的比较少,就两种鱼NCBI里面有Sequence,还是预测
来源：学生作业帮助网 编辑：六六作业网 时间：2024/12/29 05:33:59
你克隆过未知的基因吧?我也要克隆一个未知基因.我有以下疑问：1,我克隆鱼的一个未知基因.我该找多少生物的该基因来比对找保守区.因为鱼类的比较少,就两种鱼NCBI里面有Sequence,还是预测
你克隆过未知的基因吧?我也要克隆一个未知基因.我有以下疑问：1,我克隆鱼的一个未知基因.我该找多少生物的该基因来比对找保守区.因为鱼类的比较少,就两种鱼NCBI里面有Sequence,还是预测的,我不得不找人类,小鼠等哺乳动物的该基因来补上.同源性还是有80%的.2,简并引物设计5对够不够?3.从开始到拿到基因全长抓紧时间的话要多久?
你克隆过未知的基因吧?我也要克隆一个未知基因.我有以下疑问：1,我克隆鱼的一个未知基因.我该找多少生物的该基因来比对找保守区.因为鱼类的比较少,就两种鱼NCBI里面有Sequence,还是预测
对比基因,建议你还是从蛋白入手.毕竟基因本身保守不保守或者序列如何并没有意义.基因存在的真正意义绝大多数还是靠表达蛋白来完成对性状的控制.有了基因序列就能得到氨基酸序列,然后通过氨基酸比较就会很有说服力,而且结果更明显.
关于鱼类的基因设计较少,我做的多数还是癌细胞和微生物的,也有一部分病毒.建议你看看不同生物的密码子偏好,多利用鱼和水生生物的的序列来设计简并引物.至少在我做过的来说,人源基因3-4对就基本没什么问题,至于鱼的,同源性上肯定是个问题,至于5对够不够我也说不太好.
关键最后的比较看你要做到什么程度,如果就是提全DNA,PCR,然后分离测序的话,应该很快的,顺利的话1-2两周应该没有问题,但要看测序公司的效率.
1、在Genbank中找其他相关物种的序列是可以的，80%也够用，只要找到合适的保守区域就行。
2、简并引物设计5对也够，先试试，不够再找其他区段设计，其实“每对简并引物”中含有的真实引物成百上千，计算一下，尽量不要超过1000。
3、拿到全长基因需要多长时间不太好确定，一切顺利，拿到全长一个月足够，这里有运气的成分，如果一旦有条带，一定要马上测序，不要寄希望下次再扩增，有时可能就...
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1、在Genbank中找其他相关物种的序列是可以的，80%也够用，只要找到合适的保守区域就行。
2、简并引物设计5对也够，先试试，不够再找其他区段设计，其实“每对简并引物”中含有的真实引物成百上千，计算一下，尽量不要超过1000。
3、拿到全长基因需要多长时间不太好确定，一切顺利，拿到全长一个月足够，这里有运气的成分，如果一旦有条带，一定要马上测序，不要寄希望下次再扩增，有时可能就扩不到了。还有就是条件允许，建议同时做2-3个基因，不要吊在一棵树上。
这个过程要有一颗坚强的心，会被打击N次，祝你顺利
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可以通过其他物种的信息比对设计引物，但要从蛋白下手。5对够了。先试试看，不行再设计就是了。拿到全长看你全长多长了。