请问什么是氨基酸组成上的偏向性?
来源：学生作业帮助网 编辑：六六作业网 时间：2024/11/24 23:10:34
请问什么是氨基酸组成上的偏向性?
请问什么是氨基酸组成上的偏向性?
请问什么是氨基酸组成上的偏向性?
你说的应该是密码子偏好性吧
编码同一氨基酸的密码子称为同义密码子.比如精氨酸有六种编码同义密码子（AGA,CGT,CGC,CGA,CGG,和AGG）.但是在酵母基因组中,精氨酸的48%由密码子AGA确定,而其余五种编码精氨酸的同义密码子（CGT,CGC,CGA,CGG,和AGG）则以较低的大致相等的频率被使用（每种10%左右）.类似地,果蝇以完全不同的密码子使用偏性编码精氨酸,即比起其它五种选择（每一种的出现频率约为13%）来说,果蝇更倾向于使用密码子CGC（33%）.
遗传信息在由mRNA到蛋白质的传递过程中是以三联体密码子的形式传递的.每种氨基酸至少对应一个密码子,最多的有6种对应的密码子.编码同一种氨基酸的密码子称为同义密码子.在蛋白质的合成过程中,同义密码子的使用概率并不相同.某一物种或某一基因通常倾向于使用一种或几种特定的同义密码子,这些密码子被称为最优密码子(Optimal Codon),此现象被称为密码子偏好性(Codon Usage bias).人们已对不同物种的密码子使用偏好性进行了一些研究,发现不同物种的基因在密码子使用上存在着明显的偏好性；不同功能的基因其密码子使用偏好性也存在较大的差异.
密码子使用的相对概率(Relative Synonymous Codon Usage,RSCU)作为衡量的标准.RSCU是指对于某一特定的密码子在编码对应氨基酸的同义密码子间的相对概率,它去除了氨基酸组成对密码子使用的影响,如果密码子的使用没有偏好性的话,该密码子的RSCU值等于1.当某一密码子的RScU值大于1时,代表该密码子为使用相对较多的密码子,反之亦然.它计算简便,而且直观地反映了密码子使用的偏好性.
密码子适应指数(Codon adaption index.CAI)该指数以一组具高表达水平的基因为参考,测量某一个基因的密码子偏好情况和这些高表达基因密码子偏好情况的接近程度,如果一个基因完全使用高表达基因中所用的密码子,则其CAI值为1.目前这个指数已被广泛用来预测基因的表达水平.
有效密码子数(Efective Number of Codon.Nc)CAI测量的是某个基因所用的密码子与高表达基因所用密码子的接近程度.和CAI不同,Nc 测量的是某个基因的密码子偏好程度,如果一个基因平均使用每一个密码子,则其Nc为61,如果一个基因只使用每组同义密码子中的一个,则其Nc为20.理论上讲,一个具有低CAI的基因也可以同时具有低Nc值,换句话说,该基因具有较强的密码子偏好性,只不过其偏向的并不是高表达基因所用的密码子.
GC 和GC3s：GC测量的是基因中G和C的含量.GC3s则计算密码子第三个碱基中出现G或c的频率.一般认为这两个因素对基因的密码子选择有重要影响.