关于已知DNA序列在NCBI上比对并鉴定菌种1.我做细菌鉴定,把16srDNA PCR后拿出去双向测序,得到了两条序列,一条正的,一条反的,在比对以前是要把它整合成一条链吗?怎样整合?如何鉴定.两条链如下

来源：学生作业帮助网编辑：六六作业网时间：2024/12/28 07:56:57

关于已知DNA序列在NCBI上比对并鉴定菌种1.我做细菌鉴定,把16srDNAPCR后拿出去双向测序,得到了两条序列,一条正的,一条反的,在比对以前是要把它整合成一条链吗?怎样整合?如何鉴定.两条链如

关于已知DNA序列在NCBI上比对并鉴定菌种1.我做细菌鉴定,把16srDNA PCR后拿出去双向测序,得到了两条序列,一条正的,一条反的,在比对以前是要把它整合成一条链吗?怎样整合?如何鉴定.两条链如下
关于已知DNA序列在NCBI上比对并鉴定菌种
1.我做细菌鉴定,把16srDNA PCR后拿出去双向测序,得到了两条序列,一条正的,一条反的,在比对以前是要把它整合成一条链吗?怎样整合?如何鉴定.两条链如下：
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关于已知DNA序列在NCBI上比对并鉴定菌种1.我做细菌鉴定,把16srDNA PCR后拿出去双向测序,得到了两条序列,一条正的,一条反的,在比对以前是要把它整合成一条链吗?怎样整合?如何鉴定.两条链如下
用contig 1软件将上述两段序列拼接后,用拼接结果的反向互补序列进行BLAST.BLAST结果显示,你的菌株与动物乳杆菌,鼠乳杆菌,乳酸乳球菌Max ident均为96%.

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基于云计算的解决方案：
1. blast2 （http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastSearch&PROG_DEF=blastn&BLAST_PROG_DEF=megaBlast&BLAST_SPEC=blast2seq）分析了你的序列，完全匹配的序列比例比较低。完全匹配区对应第一条序列425到865碱基。你在做PCR时使用了高保真酶吗？如果没有这个结果比较合理。
2.提取完全匹配序列截断序列（425-865），重复blast2分析。这一步，序列应该是100%匹配。如果不是，序列起始或终止位点有问题。检查后，在结果页面下载blast2的xml文件拷贝序列。
3. 用这条序列做blast。下面是物种报告。可以肯定的是你的细菌来自Firmicutes门。其他的就不能肯定了，应为所有的匹配序列都是100%匹配你的最佳测序区段。个人感觉你的测序结果还有很大的提升空间，应该在实验上在下下功夫。
Taxonomy Report
Bacteria ............................ 100 hits 4 orgs [root; cellular organisms]
. Firmicutes ........................ 15 hits 3 orgs
. . Lactobacillus ................... 3 hits 2 orgs [Bacilli; Lactobacillales; Lactobacillaceae]
. . . Lactobacillus murinus ......... 1 hits 1 orgs
. . . Lactobacillus animalis ........ 2 hits 1 orgs
. . uncultured Firmicutes bacterium . 12 hits 1 orgs [environmental samples]
. uncultured bacterium .............. 85 hits 1 orgs [environmental samples]
下面是瞎猜的：你的细菌有90%的可能性是革兰氏阳性菌，而且是低GC含量，有可能是一种工业用菌，例如酿酒。^_^

收起

关于已知DNA序列在NCBI上比对并鉴定菌种1.我做细菌鉴定,把16srDNA PCR后拿出去双向测序,得到了两条序列,一条正的,一条反的,在比对以前是要把它整合成一条链吗?怎样整合?如何鉴定.两条链如下动物dna序列为什么在ncbi上比对完和植物的该基因相似关于DNA序列在NCBI上比对的问题1.我做细菌鉴定,把16srDNA PCR后拿出去测序,得到了两条序列,一条正的,一条反的,在比对以前是要把它整合成一条链吗?怎样整合?2.请大概说一下,我想知道是什么菌, 关于种属鉴定、NCBI的BLAST比对和DNAMAN同源性分析的问题测得某DNA样本基因序列是ACCGCCTGCCCAGTGACACATGTTTAACGGCCGCGGTACCCTAACCGTGCAAAGGTAGCATAATCACTTGTTCCTTAAATAGGGACCTGTATGAATGGCTCCACGAGGGTTCAGCTGTCTCTTACTTTTAACCAGTGAAATTGAC 细菌16S rDNA 序列比对,菌种鉴定中,已测出待定菌种的16SrDNA序列.那么：1、在NCBI上比对时,有三个属的多个已知菌种与新菌匹配率都95%以上,值最高的那个属其实真的在预料之外,而且文献中也没在NCBI氨基酸序列比对中,specific/nonspecific 怎样在NCBI上查找棉铃虫类胰蛋白酶的DNA序列我把在NCBI上比对结果为99%的序列,拿来和我的序列再用DNAMAN比对一下,发现相似度只有30%了,为什么呢?我有一段序列,在NCBI上比对之后,找到一段相似度99%的序列,然后手动将这两段序列用DNAMAN比 16SrDNA测序后在ncbi上比对细菌鉴定,16SrDNApcr扩增测序之后用blast比对,出来一个相似度99%的菌种,怎样体现数据库也是用16SrDNA序列跟我做的序列匹配的呢?换句话说,我想知道这99%相似度是不是我 ncbi上的blast序列比对工具怎么使用,求具体操作指南. 怎么在NCBI上比对其他基因? OMPA的基因序列是什么?怎么在NCBI上查? 怎样能将DNA序列从反向换算成正向?我测序结果想放到NCBI上BLAST比对,可是得到的是反向序列,可以直接比对么?如果要转换成正向序列,用什么软件?我分少还是非常感谢了.回1楼的：我转换成正 dna序列转换成蛋白序列已知基因的DNA序列 cdna序列,如何得到蛋白序列呢?用DNAman可以么?或NCBI上?如何操作呢?这样得出的蛋白序列是唯一的吗?不考虑蛋白的空间结构啥的么? 如何进行DNA的结构分析我获得了一段DNA序列,是以DNA为模板PCR扩增的来的,请问如何使用NCBI来对这个序列进行结构分析,区分出它的内含子和外显子序列,并得到其对应的氨基酸序列?我是一个初如何使用已知核苷酸序列在DNA和RNA上得到未知的侧翼序列已知基因名和cDNA位点,如何找到相对应的DNA序列上的位点?例：已知基因名PLEC,NM_201384,exon1,c.14A>G.现在要验证c.14A>G这个位点是否发生突变.我在NCBI中可以查到这个基因相对应的mRNA的序列,可以以 NCBI Blast 中的黑色、蓝色、绿色、粉色和红色都是什么意思?在 NCBI 中进行核酸序列比对,比对结果的 Graphic Summary 中会有黑色、蓝色、绿色、粉色和红色的代表一些数值的标记,