如何进行DNA的结构分析我获得了一段DNA序列,是以DNA为模板PCR扩增的来的,请问如何使用NCBI来对这个序列进行结构分析,区分出它的内含子和外显子序列,并得到其对应的氨基酸序列?我是一个初
来源：学生作业帮助网 编辑：六六作业网 时间：2024/12/22 16:11:00
如何进行DNA的结构分析我获得了一段DNA序列,是以DNA为模板PCR扩增的来的,请问如何使用NCBI来对这个序列进行结构分析,区分出它的内含子和外显子序列,并得到其对应的氨基酸序列?我是一个初
如何进行DNA的结构分析
我获得了一段DNA序列,是以DNA为模板PCR扩增的来的,请问如何使用NCBI来对这个序列进行结构分析,区分出它的内含子和外显子序列,并得到其对应的氨基酸序列?我是一个初学者,请说详细一点,
这些步骤我都操作过了，但是看着那张图，还有后面的一个表格，特别是如何从这么多信息中找出自己所需要的信息。
如何进行DNA的结构分析我获得了一段DNA序列,是以DNA为模板PCR扩增的来的,请问如何使用NCBI来对这个序列进行结构分析,区分出它的内含子和外显子序列,并得到其对应的氨基酸序列?我是一个初
时候它会显示出质粒的序列.
然后把去除质粒的剩余序列用NCBI检索啊.
选择nucleotide blast.
检索吧.
然后结果中选择关联度最好的,你就可以进去看到结果了.一般来说,如果你知道你提取的DNA来自哪个物种,就直接选择结果中那个物种的相关序列.结果里有完整的DNA序列.有了序列,氨基酸序列就自然有了.在结果里“ CDS ”下就有氨基酸序列.当然不是所有的结果都包含这个.
好运
楼主的问题问的太宽泛了。请问你是具体问题出在哪里呢？
你可以利用Biomart这个工具（www.biomart.org），找到种间的orthlogue关系以及各种类型的注释ID直接的对应关系。你也可以用ncbi里面的homologene数据库去找种间的同源序列.
multiple alignment可以用clust W或者mega做。
系统发育树可以用mega做。PHYLI...
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楼主的问题问的太宽泛了。请问你是具体问题出在哪里呢？
你可以利用Biomart这个工具（www.biomart.org），找到种间的orthlogue关系以及各种类型的注释ID直接的对应关系。你也可以用ncbi里面的homologene数据库去找种间的同源序列.
multiple alignment可以用clust W或者mega做。
系统发育树可以用mega做。PHYLIP好像也可以。
基因结构上可以做做gc含量，外显子大小，splicing，调控序列什么的
蛋白结构预测软件很多，不过我没做过。
ncbi有一个conserved domain 的数据库，你可以和他比较下，分析下结构域。
表达情况。。。。你可以找找相关的EST（ncbi）或者array（。。这个不记得了，在ncbi上应该有别人的数据）的表达数据。
收起
用BLAT吧，http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat，