BLAST设计引物的问题?原来用Primer5.0设计引物,但是效果一直都不好,怀疑特异性不强,现在改用BLAST设计引物：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/,但是在这一步,,我不知道如何选择参数,我是做
来源：学生作业帮助网 编辑：六六作业网 时间：2024/12/22 17:24:04
BLAST设计引物的问题?原来用Primer5.0设计引物,但是效果一直都不好,怀疑特异性不强,现在改用BLAST设计引物：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/,但是在这一步,,我不知道如何选择参数,我是做
BLAST设计引物的问题?
原来用Primer5.0设计引物,但是效果一直都不好,怀疑特异性不强,现在改用BLAST设计引物：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/,但是在这一步,
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我不知道如何选择参数,我是做果树的,但是我们实验室有人做病毒,我现在怀疑有DNA污染,我的问题是,如何设置参数,才能达到以下俩个目的：1、对我的基因克隆达到最好的效果,2、避免克隆到其他的DNA,尤其是这个病毒的污染,如果在用blast设计引物有心得的话,请一并告诉,
BLAST设计引物的问题?原来用Primer5.0设计引物,但是效果一直都不好,怀疑特异性不强,现在改用BLAST设计引物：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/,但是在这一步,,我不知道如何选择参数,我是做
这个参数其实是选定物种,你可以尝试在第一次设计的时候,只添加你做的果树的物种的拉丁名去检索.
获得理想的序列以后,用病毒的基因组去blast,确认你的引物序列在里面没有,或很少有同源序列就好了.
如果确认你的样品中有这个序列,引物用primer设计过没有问题,最好能够查看一下：
1.样品制备的问题,是否能够再次纯化模板DNA,或者是稀释模板,减少样品中的干扰成分
2.选择热启动DNA聚合酶,减少非特异扩增（或者选择商品化的Mix,Mix都经过优化的,扩增能力比普通Taq酶,或者是高保真酶要强）
3.用梯度PCR的方式,摸索最佳的退火温度,减少非特异扩增
4.如果确实有其他外源DNA的污染,最好把水,引物,酶全部都换新的再试,因为一旦出现污染,哪怕只是一点点,也会对结果有很大干扰的.