荧光定量PCR引物设计的问题如题,我有一个疑问,就是我现在有一些转录组测序的序列,但是只是部分序列,还没有全长,但是我想QRT-PCR.设计引物时用测得的序列设计,但是总是没有完美的,有二聚
来源：学生作业帮助网 编辑：六六作业网 时间：2024/12/18 10:22:55
荧光定量PCR引物设计的问题如题,我有一个疑问,就是我现在有一些转录组测序的序列,但是只是部分序列,还没有全长,但是我想QRT-PCR.设计引物时用测得的序列设计,但是总是没有完美的,有二聚
荧光定量PCR引物设计的问题
如题,我有一个疑问,就是我现在有一些转录组测序的序列,但是只是部分序列,还没有全长,但是我想QRT-PCR.设计引物时用测得的序列设计,但是总是没有完美的,有二聚体,有的有错配.扩出来效果不好,但是用primer5找不出好的,是不是我的序列只是部分的?还是这段序列没有符合荧光定量条件要求的引物位点?要是这样该怎么办啊?我的序列是小麦的.我还想知道荧光定量有没有不合适用的情况啊或者有没有荧光定量的替代方案啊?
荧光定量PCR引物设计的问题如题,我有一个疑问,就是我现在有一些转录组测序的序列,但是只是部分序列,还没有全长,但是我想QRT-PCR.设计引物时用测得的序列设计,但是总是没有完美的,有二聚
你是直接用primer5设计的引物吗?有时候时会遇到你说的问题,你可以在软件设计出来的基础上,手动的把你的引物移动几个碱基,可以减少一些二聚体或错配,而且,软件给出来的这些结果都只是计算值,你实际应用的时候,退火温度都要五六十度了,即使有部分二聚体在这个温度下也打开了,如果害怕出问题,你可以针对同一转录组多设计几对引物,然后选一组最好的用
LS说得很对 你可以手动改动几个碱基，降低引物里面的dimer，主要是3'端没有dimer就好。 错配问题，可以用taqman探针来检测，但是很贵，实在设计不出来再用。 可以多设计几对，然后做个引物测试，挑选出几对好的，再做QRT。
我还有个问题是，有些试剂公...
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LS说得很对 你可以手动改动几个碱基，降低引物里面的dimer，主要是3'端没有dimer就好。 错配问题，可以用taqman探针来检测，但是很贵，实在设计不出来再用。 可以多设计几对，然后做个引物测试，挑选出几对好的，再做QRT。
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