rnaseq做snp检测的时候,为什么会检测到基因间区域的
来源：学生作业帮助网 编辑：六六作业网 时间：2024/11/24 11:13:39
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样品制备过程不纯
用的算法不可靠.目前常用的算法,例如Bowtie,BWA,错误率都比较高,大概3%的错误mapping率.更有甚者Novoalign等算法错误率可高达百分之十几.用超高精度比对算法如FANSe/FANSe2会好得多,但对短reads仍然不可能做到100%正确,错误率可以控制在在1%以下.
测序仪操作不好,测序质量差.注意Illumina的测序仪会谎报Phred quality,故意报高让你以为质量很好.
有基因发生重排的现象.
某些长链非编码RNA(lncRNA)也带有polyA尾巴,在RNA-seq时也会被测序到.
因为reads会比对到基因间啊
可能是lnc，也可能没有降解的DNA，当然也可能是比对错误--譬如比对到假基因上去了。
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