平末端连接问题最近在做载体构建,有一个5k左右的片段要连接到一个12k左右的载体骨架上,两端都是平末端,始终连不上,不知道连接体系需要怎样的优化,连接酶要多,但是一个10ul的体系中,到底
来源:学生作业帮助网 编辑:六六作业网 时间:2024/12/26 00:17:09
平末端连接问题最近在做载体构建,有一个5k左右的片段要连接到一个12k左右的载体骨架上,两端都是平末端,始终连不上,不知道连接体系需要怎样的优化,连接酶要多,但是一个10ul的体系中,到底
平末端连接问题
最近在做载体构建,有一个5k左右的片段要连接到一个12k左右的载体骨架上,两端都是平末端,始终连不上,不知道连接体系需要怎样的优化,连接酶要多,但是一个10ul的体系中,到底要加多少酶?以及目的片段和载体各是多少才合适?没做过,身边的人也没有经验,做的非常辛苦啊~
载体已经去磷酸化处理
平末端连接问题最近在做载体构建,有一个5k左右的片段要连接到一个12k左右的载体骨架上,两端都是平末端,始终连不上,不知道连接体系需要怎样的优化,连接酶要多,但是一个10ul的体系中,到底
二楼正解.不过你的T4 ligase浓度是多少?你的insertion DNA 和 vector浓度又是多少?一般来说商业用T4 ligase不会少于20,000u/ml,你的insertion size又有5k,还需要10:1于vector的比例加入到10ul反应体系当中去,0.5ul酶应该足够用了.
看你连接连得那么辛苦,给你介绍一个新朋友吧,不是双汇火腿肠,而是clontech的In-fusion protocol.不过不知道国内有没有卖这种试剂盒的哈,去年的技术...
http://clontech.takara-bio.co.jp/manuals/pdf/PT4065-1.pdf
你用的是T4连接酶吧?
平末端连接,一定要用大量的目的片段去竞争载体自连,一般要保证你的片段和你的载体的摩尔数目之比要达到8:1以上才能达到比较高的连接效率。
10微升体系中,一般T4连接酶都是用0.5微升的。然后你按照10:1摩尔比加入你的片段和载体就行了,用水补足体积。
此外,还有一点,平末端连接失败的主要原因是载体自连很严重,你可以用磷酸酶处理载体,将载体去磷酸化,也...
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你用的是T4连接酶吧?
平末端连接,一定要用大量的目的片段去竞争载体自连,一般要保证你的片段和你的载体的摩尔数目之比要达到8:1以上才能达到比较高的连接效率。
10微升体系中,一般T4连接酶都是用0.5微升的。然后你按照10:1摩尔比加入你的片段和载体就行了,用水补足体积。
此外,还有一点,平末端连接失败的主要原因是载体自连很严重,你可以用磷酸酶处理载体,将载体去磷酸化,也就是去除载体末端的磷酸集团,这样可以大大降低载体自连概率,增加链接成功率。
收起
你的外源片段末端有没有磷酸化?