如何用blast 发现新基因
来源：学生作业帮助网 编辑：六六作业网 时间：2024/11/05 22:40:55
如何用blast 发现新基因
如何用blast 发现新基因
如何用blast 发现新基因
BLAST对一条或多条序列(可以是任何形式的序列)在一个或多个核酸或蛋白序列库中进行比对.BLAST还能发现具有缺口的能比对上的序列.
BLAST是基于Altschul等人在J.Mol.Biol上发表的方法(J.Mol.Biol.215:403-410(1990)),在序列数据库中对查询序列进行同源性比对工作.从最初的BLAST发展到现在NCBI提供的BLAST2.0,已将有缺口的比对 序列也考虑在内了.BLAST可处理任何数量的序列,包括蛋白序列和核算序列;也可选择多个数据库但数据库必须是同一类型的,即要么都是蛋白数据库要么都是核酸数据库.所查询的序列和调用的数据库则可 以是任何形式的组合,既可以是核酸序列到蛋白库中作查询,也可以是蛋白序列到蛋白库中作查询,反之亦然.
GCG及EMBOSS等软件包中包含有五种BLAST：
1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询.库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对.
2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询.先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白）,再对每一条作一对一的蛋白序列比对.
3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询.库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对.
4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询.与BLASTX相反,它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列,再同所查序列作蛋白与蛋白的比对.
5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询.此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列）,这样每次比对会产生36种比对阵列.由于这种比对? 母丛有裕?虼薚BLASTX在比对中对缺口不予以考虑.
所以总的来说,BLAST是用来比对的,如果与文库中的基因都不同,可能是新的基因,然后还要做其他方面的研究.
Blast是一个基因库，可以用来比对，如果你手头上有段序列的话，可以将自己的序列粘贴到NCBI网站上，进行比对，看看与那些物种的基因相近，至于是不是新物种，还要很多的实验程序，不是仅靠BLAST就能搞定的。
Blast是一个基因库，可以用来比对，如果你手头上有段序列的话，可以将自己的序列粘贴到NCBI网站上，进行比对，看看与那些物种的基因相近，至于是不是新物种，还要很多的实验程序。