引物的EB染色问题最近做PCR,很不顺心,以为是引物问题.拿引物去跑电泳,发现很多条跑不出带,从而以此断定为引物问题.于是重新合成引物,电泳检测,仍然是相同的结果.在此想问问各位同行高
来源：学生作业帮助网 编辑：六六作业网 时间：2024/11/18 19:59:16
引物的EB染色问题最近做PCR,很不顺心,以为是引物问题.拿引物去跑电泳,发现很多条跑不出带,从而以此断定为引物问题.于是重新合成引物,电泳检测,仍然是相同的结果.在此想问问各位同行高
引物的EB染色问题
最近做PCR,很不顺心,以为是引物问题.拿引物去跑电泳,发现很多条跑不出带,从而以此断定为引物问题.于是重新合成引物,电泳检测,仍然是相同的结果.
在此想问问各位同行高手,对于短的ssDNA,EB染色是否与DNA序列有关?如果有关,都有些什么关系?
回fengfeixue0219:我是拿引物直接跑的PCR.
谢谢各位的回答,其实你们说的我也查过,我想问的是染色的强弱跟DNA序列都有些什么关系?
多谢fengfeixue0219,以后设计引物得更小心了.
引物的EB染色问题最近做PCR,很不顺心,以为是引物问题.拿引物去跑电泳,发现很多条跑不出带,从而以此断定为引物问题.于是重新合成引物,电泳检测,仍然是相同的结果.在此想问问各位同行高
EB的染色原理是能够嵌入到dsDNA的大沟之中,形成复合物而在紫外光下发出荧光.
引物是ssDNA,如果不能形成二级结构的话,EB是不能有效染色的.
你指的跑不出带,是指PCR结束后没有引物二聚体,还是引物直接电泳没有条带?
说实话,EB染色和序列碱基次序是没有关系的.EB的染色只和序列长度有关.并且我要指出的是,如果你的引物能够跑出很强的带,那说明引物可以形成发卡装二级结构,不适合作为引物使用.因为引发率会很低.
溴化乙锭可以用来检测单链或双链核酸（DNA或RNA）。但是染料对单链核酸的亲和力相对较小，所以其荧光产率也相对较低。事实上，大多数对单链DNA或RNA染色的荧光时通过染料结合到分子内形成较短的链内螺旋产生的。
从上面内容可以知道待扩增区域的碱基组成以及是否会形成适于溴化乙锭结合的二级结构会在很大程度上影响其与溴化乙锭的结合。...
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溴化乙锭可以用来检测单链或双链核酸（DNA或RNA）。但是染料对单链核酸的亲和力相对较小，所以其荧光产率也相对较低。事实上，大多数对单链DNA或RNA染色的荧光时通过染料结合到分子内形成较短的链内螺旋产生的。
从上面内容可以知道待扩增区域的碱基组成以及是否会形成适于溴化乙锭结合的二级结构会在很大程度上影响其与溴化乙锭的结合。
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