引物长度越长,到底是特异性增加还是减少呢?引物越长,能够配对的概率减少,所以特异性增加or引物越长,包含的碱基越多,发生错配的概率就越高组啊,到底是哪种解释?
来源:学生作业帮助网 编辑:六六作业网 时间:2024/12/19 20:10:40
引物长度越长,到底是特异性增加还是减少呢?引物越长,能够配对的概率减少,所以特异性增加or引物越长,包含的碱基越多,发生错配的概率就越高组啊,到底是哪种解释?
引物长度越长,到底是特异性增加还是减少呢?
引物越长,能够配对的概率减少,所以特异性增加
or引物越长,包含的碱基越多,发生错配的概率就越高
组啊,到底是哪种解释?
引物长度越长,到底是特异性增加还是减少呢?引物越长,能够配对的概率减少,所以特异性增加or引物越长,包含的碱基越多,发生错配的概率就越高组啊,到底是哪种解释?
引物越长,能够配对的概率减少,所以特异性增加
or引物越长,包含的碱基越多,发生错配的概率就越高
这 两句话是对应了不同的情况,第一句话是指引物越长,Tm相对越大,退火温度可以越高(这一句一定不能省略),所以发生错配的概率减少,所以特异性增加.
而第二句话是指,在相同的退火温度下,引物越长,包含的碱基越多,发生错配的概率就越高
引物越长,Tm越高、在退火温度=Tm时的特异性越高、越容易产生二级结构。
就你的问题来说,第一句话是对的。
引物长度越长,特异性增加。但是也要在一定范围内才正确。不是引物越长越好的。
“引物越长,能够配对的概率减少,所以特异性增加or引物越长,包含的碱基越多,发生错配的概率就越高”都对,是从问题的不同角度考量的。前者是从避免随机结合的角度看,后者是从碱基配对的精度上看。所以不能一刀切。
但是,就配对精度上来说,这个不是引物应该考虑的,因为任何一个碱基配对的时候都有可能出错,并且是独立事件...
全部展开
引物长度越长,特异性增加。但是也要在一定范围内才正确。不是引物越长越好的。
“引物越长,能够配对的概率减少,所以特异性增加or引物越长,包含的碱基越多,发生错配的概率就越高”都对,是从问题的不同角度考量的。前者是从避免随机结合的角度看,后者是从碱基配对的精度上看。所以不能一刀切。
但是,就配对精度上来说,这个不是引物应该考虑的,因为任何一个碱基配对的时候都有可能出错,并且是独立事件。总体上看较长引物包含的碱基多,总概率增加,但是不代表每个碱基配对精度有改变。哪怕只有1BP的引物,还是存在错配的可能性。所以这个不是重点,重点是特异性。
一般来说,1。引物长度要大于16BP,一般为20到24个最合适,因为4的16次方=4290000000,大于了哺乳动物单倍体基因组300000000的数量,可以防止随机结合了。
2。引物与靶序列间的Tm值不应该小于55度。小雨30BP的引物按照Tm=4(G+C)+2(A+T)来估计。
3。引物不应该有发卡结构,不能有4BP以上的回文序列
4。2个引物之间不应该有大于4BP的互补序列或者同源序列。在3`端不应该有任何互补碱基,避免引物二聚体。
4。碱基分布竟可能均匀,G+C接近50%
要满足以上4个条件,难度随着引物长度增加而急剧加大。。。所以长度适中就好。一般来说,避免了随机结合就能保证其特异性了。
收起