列举常用的生物信息学数据库及序列对比常用软件及特点

列举常用的生物信息学数据库及序列对比常用软件及特点
列举常用的生物信息学数据库及序列对比常用软件及特点

列举常用的生物信息学数据库及序列对比常用软件及特点
一般来说所用的分析工具有在线跟下载的 下面简要列举一些常用在线软件的使用 1、使用VecScreen工具,分析下列未知序列,输出序列长度、载体序列的区域、可能使用的克隆载体都有哪些.一、步骤：
打开google 首页,搜索VecScreen,进入VecScreen首页,复制序列,运行,View report.
二、结果：
输出序列长度918bp,
载体序列的区域456bp——854bp.
克隆载体：M13mp18 phage,pGEM-13Zf(+),pBR322,pRKW2.
2、使用相应工具,分析下列未知序列的重复序列情况,输出重复序列的区域、包含的所有重复序列的类型、重复序列的总长度及Masked Sequence.
一、步骤：
进入google首页,进入ICBI主页,对序列进行BLAST.得出序列是human的.
进入google首页,搜索RepeatMasker,进入RepeatMasker主页,进入RepeatMasking,复制序列,DNA source选择human,运行!点击超链接,在结果中选择
Annotation File ：RM2sequpload_1287631711.out.html
3、使用CpGPlot/CpGReport/Isochore工具,分析下列未知序列,输出CpG岛的长度、区域、GC数量、所占的百分比及Obs/Exp值.一、步骤：
进入google首页,搜索CpGPlot,进入CpGPlot主页,program中选择cpgreport复制序列,运行!
二、结果：

CpG岛的长度：385bp
区域：48——432；
GC数量：Sum C+G=297,百分数=77.14
Obs/Exp：1.01
4、预测下面序列的启动子,输出可能的启动子序列及相应的位置.一、步骤：
进入google首页,进入ICBI主页,对序列进行BLAST.得出序列是human的
进入google首页,搜索Neural Network Promoter Prediction,进入主页,复制序列,选择eukaryote,运行!
二、结果：

位置：711—761 ,1388—1438,1755—1805；
5、运用Splice Site Prediction工具分析下面序列,分别输出内含子－外显子剪接位点给体和受体的区域及剪接处位置的碱基.一、步骤：
进入google首页,进入ICBI主页,对序列进行BLAST.得出序列是human的
进入google首页,搜索Splice Site Prediction,进入主页,复制序列.Organism选择Human or other.其他默认,运行!
二、结果：
供体：

受体：
6、对下面序列进行六框翻译,利用GENESCAN综合分析(首先确定给定序列的物种来源)哪个ORF是正确的,输出六框翻译（抓图）和GENESCAN结果(包括predicted genes/exons 和 predicted peptide sequence(s) 两个部分).一、步骤：
进入google首页,进入ICBI主页,对序列进行BLAST.得出序列是Zea的
进入google首页；搜索NCBI,进入主页,选择all resources（A~Z）,选择O,选择ORF finder.复制序列,默认,运行!
二、结果：ORF图
三、步骤：进入google首页,搜索GENESCAN,进入主页,Organism:Maize, ,其他默认,运行!
四、结果：
G7、进入REBASE限制性内切酶数据库,输出AluI、MboI、EcoI三种内酶的Recognition Sequence和Type.
一、步骤：进入google首页,google in English,搜索REBASE,进入主页, 分别输入AluI、MboI、EcoI,运行!
在MboI中选择第一个,EcoI选择第二个.
二、结果：
ENSCAN图
8、使用引物设计工具,针对下列未知序列设计一对引物,要求引物长度为20-25bp,扩增产物长度300-500bp,退火温度为50-60℃.请写出选择的一对引物（Forward Primer and Reverse Primer）、及相应的GC含量、引物的位点、Tm值和产物长度.一、步骤：进入google首页,搜索genefisher,进入主页,复制fasta格式,chechk input, sunmit, ； ；设置一下引物长度为20-25bp,扩增产物长度300-500bp,退火温度为50-60℃； .
二、结果：

GC含量：

引物的位点：

Tm值：

产物长度：.

9、将下面的序列用NEBcutter 2.0工具分析,用产生平末端及有四个酶切位点的酶进行酶切,并用抓图提交胶图（view gel）,要求1.4% agarose和Marker为100bp DNA Ladder.
一、步骤：
进入google首页,进入ICBI主页,对序列进行BLAST,得知是linear.
进入google首页,搜索NEBcutter 2.0,进入主页,选择linear,运行!选择custom digest, ,把“1”改为“4”,选择平末端,后digest.View gel.选择1.4% agarose和Marker为100bp.
二、结果：
然后就是蛋白质的了一般都在expasy里swiss-prot 适用于检索的 compute pi/mw 求理论分子量 分子量 protparam物理化学性质 protscale亲水性疏水性 peptidemass分析蛋白酶和化学试剂处理后的内切产物
NCBI(www.ncbi.nlm.nih.gov)-GenBank数据库
数据库相似性搜索——核酸序列与核酸数据库比较（BLASTN）
蛋白质序列与数据库中蛋白质序列比较（BLASTP）
两序列比对（Align two sequences）
DNA序列分析——ORF Finder(www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html)
分析实验序列外显子部分——GENSCAN（http://genes.mit.edu/GENSCAN.html）
分析实验序列的可能酶切位点——NEBcutter2.0 (http://tools.neb.com/NEBcutter2/index.php)
注： Custom digest -- view gel
限制性内切酶数据库——REBASE(http://rebase.neb.com/rebase/rebase.html)
设计引物扩增实验序列——Genefisher
Primer 3
蛋白质序列分析及结构预测：
1.预测蛋白质的分子量及等电点:ExPASy（Compute pI/Mw）
2.分析蛋白质的基本物理化学性质：ExPASy（ProtParam）
3.分析蛋白质的亲水性和疏水性：ExPASy（ProtScale）
4.分析蛋白质在各种蛋白酶和各种化学试剂处理后的内切产物：ExPASy（PeptideMass） [* ：kinase K]
5.分析蛋白质的信号肽：ExPASy（SignalP）
6.预测蛋白质的二级结构：ExPASy（Jpred 3）
多物种分子系统发育分析：EMBL（www.ebi.ac.uk/embl/)--Toolbox--Clustal2W
人脂联素蛋白质序列：NP_004788
人类胰岛素生长因子IB前体：P05019