RT-PCR的引物如何设计?本人刚接触RT-PCR,需要从其它几个物种基因的保守序列中,设计出另一个物种这个基因RT-PCR引物,但是实在是一头雾水,
来源：学生作业帮助网 编辑：六六作业网 时间：2024/11/22 09:25:45
RT-PCR的引物如何设计?本人刚接触RT-PCR,需要从其它几个物种基因的保守序列中,设计出另一个物种这个基因RT-PCR引物,但是实在是一头雾水,
RT-PCR的引物如何设计?
本人刚接触RT-PCR,需要从其它几个物种基因的保守序列中,设计出另一个物种这个基因RT-PCR引物,但是实在是一头雾水,
RT-PCR的引物如何设计?本人刚接触RT-PCR,需要从其它几个物种基因的保守序列中,设计出另一个物种这个基因RT-PCR引物,但是实在是一头雾水,
引物可以通过一些软件设计,比如primer 5 ,但是还需要注意一些细节问题.
比如
1.引物最好在模板cDNA的保守区内设计.DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的.在NCBI上搜索不同物种的同一基因,通过序列分析软件（比如DNAman）比对（Alignment）,各基因相同的序列就是该基因的保守区.
2.引物长度一般在15~30碱基之间.引物长度（primer length）常用的是18-27 bp,但不应大于38,因为过长会导致其延伸温度大于74℃,不适于Taq DNA 聚合酶进行反应.
3.引物GC含量在40%~60%之间,Tm值最好接近72℃.GC含量（composition）过高或过低都不利于引发反应.上下游引物的GC含量不能相差太大.另外,上下游引物的Tm值（melting temperature）是寡核苷酸的解链温度,即在一定盐浓度条件下,50%寡核苷酸双链解链的温度.有效启动温度,一般高于Tm值5~10℃.若按公式Tm= 4（G+C）+2（A+T）估计引物的Tm值,则有效引物的Tm为55~80℃,其Tm值最好接近72℃以使复性条件最佳.
建议你去借分子克隆实验指南来看看，或者采用引物设计软件，比如primer premier 5，把序列输入就可以得到不同打分的引物对
http://www.bbioo.com/bio101/2007/20171.htm
上面有很清楚的设计方法。
先找出你要扩增的“保守序列”的所有碱基，到专门的设计软件上搜索最佳引物序列。
软件和软件的使用在丁香园上均可找到。
http://www.dxy.cn/bbs
不过一开始最好有设计过的人在身边指点，不然会有很多问题