怎样设计RT PCR引物RT步骤里的OLIG（dt）和PCR步骤里的引物都需要设计吗?怎么设计呢?
来源：学生作业帮助网 编辑：六六作业网 时间：2025/02/04 04:55:15
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怎样设计RT PCR引物
RT步骤里的OLIG（dt）和PCR步骤里的引物都需要设计吗?怎么设计呢?
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Oligo dt不需要设计,用试剂盒里面的就行.如果你RT的引物想用自己的,那你需要扩增的基因序列应该是明确的吧.RT的时候'引物没太多的选择性,mRNA序列跟反义链配对,因此RT的引物要根据正义链 （就是通常描述基因序列的那条链）3'末端往5'末端的顺序来合成.需要注意通过控制引物的长度,控制Tm,毕竟反转录反应都在42℃进行的.
PCR用的引物建议使用primer primer等软件来设计.首先自己估算你目标条带的Tm值,然后在软件里面设定引物的Tm为目标的Tm附近,通常引物与模板配对区长度在20-25bp,扩增长度超过10k的话引物中与模板配对的要延长到30bp或更长,扩增长度、自由能、二聚体等要求就按照软件列出做填空就行了.最后,软件会给出一些引物对选择,你自己选择上下游引物Tm差值小的、二聚体和cross dimer以及false priming情况可以接受的那对引物组合.
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