基因克隆和序列分析相关问题我扩增产物为1300到1400bp,将产物送交公司测序两次了,每次只有一个反应成功,仅测了800到900bp,急!我将这一个反应的结果与genebank上查到的序列对比,同源性只有34%!
来源:学生作业帮助网 编辑:六六作业网 时间:2024/12/23 10:25:13
基因克隆和序列分析相关问题我扩增产物为1300到1400bp,将产物送交公司测序两次了,每次只有一个反应成功,仅测了800到900bp,急!我将这一个反应的结果与genebank上查到的序列对比,同源性只有34%!
基因克隆和序列分析相关问题
我扩增产物为1300到1400bp,将产物送交公司测序两次了,每次只有一个反应成功,仅测了800到900bp,急!
我将这一个反应的结果与genebank上查到的序列对比,同源性只有34%! 两次测序结果都差不多,但为啥与文献上的序列差别这么大呢?
我做的是不同品种葡萄相同合酶基因的克隆和序列分析,请问我拿到这些结果需要做哪些分析?各有何意义?
基因克隆和序列分析相关问题我扩增产物为1300到1400bp,将产物送交公司测序两次了,每次只有一个反应成功,仅测了800到900bp,急!我将这一个反应的结果与genebank上查到的序列对比,同源性只有34%!
1.测序最好克隆到载体后进行,比直接测PCR产物好
2.测序短,说明你的样本里有抑制剂,比如EDTA等.样本要用水稀释,不能含有抑制剂
3.同源性只有34%,说明不是同一种属的.
4.如果有好几个,那你可以做一个进化树分析,看看远近程度.
首先高质量的测序结果需要好的样品来进行是测序成功前提。一个反应成功一个取消,可能存在为非特异扩增。或者单引物扩增现象存在。还有就是引物问题,一般兼并引物、随机引物及标记性引物、不纯的引物及长片段引物等不适合测序。测序必须为特异性引物。还有就是可能存在结构.具体的原因结合峰图才能够确定.建议您克隆载体实验.
你测序所得峰图是否单一.如果不是单一峰图你比对有所差异很正常.
如果为单一...
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首先高质量的测序结果需要好的样品来进行是测序成功前提。一个反应成功一个取消,可能存在为非特异扩增。或者单引物扩增现象存在。还有就是引物问题,一般兼并引物、随机引物及标记性引物、不纯的引物及长片段引物等不适合测序。测序必须为特异性引物。还有就是可能存在结构.具体的原因结合峰图才能够确定.建议您克隆载体实验.
你测序所得峰图是否单一.如果不是单一峰图你比对有所差异很正常.
如果为单一峰图存在差异原因:一是,PCR扩增过程中产生错误,其次,测序准确率的问题。由于测序仪准确率的限制,在一个较长的序列中发生碱基错误是难以避免的。在确认克隆准确无误的情况下,通过双向测序可以最大限度的减少测序的错误。只进行单向测序无法保证完全准确,这是仪器ide精确度来决定的。而您的只有部分能够比对,在峰图单一的情况下可以设计引物获得全序列。再与文献序列进行比对.排除测序造成.其次如若为套峰,那就是扩增问题.具体的你可以还可以咨询当时的测序公司技术。
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