我在做overlap PCR,两个片段一条736bp,一条255bp,20个重叠碱基,四个引物的TM值都是59度,两条都P出来了现在加入两端的引物,就是扩不出来1000的条带,这20重叠有13个是CG对,我不知道是不是退火温度的
来源:学生作业帮助网 编辑:六六作业网 时间:2025/01/20 21:49:19
我在做overlap PCR,两个片段一条736bp,一条255bp,20个重叠碱基,四个引物的TM值都是59度,两条都P出来了现在加入两端的引物,就是扩不出来1000的条带,这20重叠有13个是CG对,我不知道是不是退火温度的
我在做overlap PCR,两个片段一条736bp,一条255bp,20个重叠碱基,四个引物的TM值都是59度,两条都P出来了
现在加入两端的引物,就是扩不出来1000的条带,这20重叠有13个是CG对,我不知道是不是退火温度的原因,54°了都,总之就是两条链不连,
我在做overlap PCR,两个片段一条736bp,一条255bp,20个重叠碱基,四个引物的TM值都是59度,两条都P出来了现在加入两端的引物,就是扩不出来1000的条带,这20重叠有13个是CG对,我不知道是不是退火温度的
试试把退火时间延长一些,看能不能把两条链连上.一般就是照着引物的Tm值做就可以的.
你的设计有没有问题?重叠那段的引物是连接的关键,而这段引物一般比较长,Tm不会只有59。
建议用不对称PCR做第一轮,分别P出2个单链为主的产物,这样纯化容易;
然后用2端引物扩第二轮。这时的退火温度不是低,而是比较高,因为跨链。所以两端的引物也要符合这点要求,不能太短。我重叠片段就是20个碱基,59°是四个引物F1、R1、F2、R2的TM值,我加两个片段扩增Pool,不加两端引物...
全部展开
你的设计有没有问题?重叠那段的引物是连接的关键,而这段引物一般比较长,Tm不会只有59。
建议用不对称PCR做第一轮,分别P出2个单链为主的产物,这样纯化容易;
然后用2端引物扩第二轮。这时的退火温度不是低,而是比较高,因为跨链。所以两端的引物也要符合这点要求,不能太短。
收起