pcr条件设定:我要p一个2000+bp的片段 pcr条件怎样设我的两个引物都是33bp GC含量为43% p过两次 都是引物二聚体
来源:学生作业帮助网 编辑:六六作业网 时间:2024/11/24 15:44:43
pcr条件设定:我要p一个2000+bp的片段 pcr条件怎样设我的两个引物都是33bp GC含量为43% p过两次 都是引物二聚体
pcr条件设定:我要p一个2000+bp的片段 pcr条件怎样设
我的两个引物都是33bp GC含量为43% p过两次 都是引物二聚体
pcr条件设定:我要p一个2000+bp的片段 pcr条件怎样设我的两个引物都是33bp GC含量为43% p过两次 都是引物二聚体
原因分析:二聚体问题,基本可以确定为引物设计不当——你的引物很长,一般2kb的片段,有22bp的引物就足够了,你这么才长的引物,非常容易形成发夹结构,或者其他互补情况,最后形成二聚体.另外,你的引物CG含量有点低,弄到55%会稳定很多.
解决方法:首先,你应该尝试低温退火+热启动的PCR方法,具体为:首次循环加热到95度后,暂停PCR,开盖,逐个加入PCR酶,然后降低退火温度,可以做一个梯度,每次降低一度试试.如果上述方法不行,你应该重新设计引物,保证16-18个配对碱基的前提下,用软件模拟避免发卡结构和引物互补,保证GC含量在55%左右.
再P不出来,你就查你的目的基因序列去,肯定弄错序列了
标准的PCR反应体系:
10×扩增缓冲液 10ul
4种dNTP混合物 各200umol/L
引物 各10~100pmol
模板DNA 0.1~2ug
Taq DNA聚合酶 2.5u
Mg2+ 1.5mmol/L...
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标准的PCR反应体系:
10×扩增缓冲液 10ul
4种dNTP混合物 各200umol/L
引物 各10~100pmol
模板DNA 0.1~2ug
Taq DNA聚合酶 2.5u
Mg2+ 1.5mmol/L
预变性的时间可以设为5min
退火温度根据引物合成单上的温度而定
延伸时间一般的TAQ酶的话是:1000bp/30s足够了
实在扩不出来就重新设计引物吧~
收起
有引物二聚体是很正常的,在引物长度大于20bp时,Tm:62.3℃+0.41℃(%G-C)-500/length-5℃。